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論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
對于論文參與查重的部分而言，基本上所有內容都要進行查重（不排除所謂的引用）。 很多學生認為，論文寫作過程中只要把從參考文獻復制粘貼的內容加上參考引用（即右上角的標記）便可以避免被查重，對于這種情況，我只能很嚴肅地說，這種所謂的方法簡直是無稽之談，沒有任何作用。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關著作和論文，參考文獻應按正文中出現的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行知網查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在知網檢測報告當中體現出來，知網報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被知網論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。
知網參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且知網檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，知網檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。